作为西班牙政府的首脑，菲利普二世相信君主的神圣权利，并以此为一些不道德和非法的行为辩护，例如下令谋杀。 菲利普建立了区域自治制度，他以总督的身份回应，总督以绝对君主的身份进行统治。
菲利普二世是首席部长，他任命了一名国务卿来帮助他。 第一位是 Perez，他于 1566 年去世。他死后，他的儿子 Perez 接替了他的职务，Perez 勤奋好学西班牙国王有权力吗，雄心勃勃。 佩雷斯与菲利普最喜欢的埃博利王子结盟。 Ebori 认为政府应该由自治州组成，拥有自己的习俗、法律和特权，即他想要一个联邦制政府。 这一解决方案遭到了阿尔瓦公爵的反对，他们希望菲利普采取强硬路线，将国家置于国王的严密控制之下。
最后是佩雷斯的胜利，他也变得更加野心勃勃。 几乎可以肯定地知道费利佩，佩雷斯甚至开始谋杀政治对手，但这种行为引起了菲利普的怀疑——他担心佩雷斯的野心有多大。 1579 年，菲利普解雇了他并下令逮捕他。 菲利普选择格兰维尔红衣主教代替佩雷斯，佩雷斯逃离了托拉贡，在那里他可以安全地躲避卡斯蒂利亚的执法。 他在这里很安全，但他在这里的存在就像是菲利普的眼中钉。
卡斯蒂利亚的贵族们被菲利普控制得很好。 除了总督、海军上将等，他们不参与卡斯蒂利亚的直接行政。 这给了他们很少的政治权力，但给在西班牙拥有该头衔的家族带来了很大的声望西班牙国王有权力吗，即使没有真正的权力。 有一个为国王出谋划策的州议会（贵族可以参加），但菲利普没有亲自出席，所以并没有真正的具体权力。 菲利普有一小群顾问帮助他，但国务委员会说服贵族们掌握权力。 他们有足够的法定人数来提出彼此的论点，但贵族们只有口头上的权力。 所以整个贵族都没有实权。
王国由专业毕业生经营。 正是通过这些议会，菲利普将他的命令传达给了他指挥下的领土。 大多数员工是律师和训练有素的管理人员。 他们是为那些有能力的人提供的职位，而不是来自强大的贵族家庭。 这些毕业生行使王权，但议会是国王的工具。 菲利普听了他们的话，他有州长和州长的来信。 他平衡意见与他们的想法，并用它们来说明他自己的观点。
菲利普继承并发展了世界上最先进的官僚机构之一，各有专长； 金融委员会、调查委员会等。这些机构为菲利普提供了有关主题的具体建议，最终菲利普制定了司法、立法、外交政策等。 尤其是在卡斯蒂利亚，菲利普行使着绝对的权力。 如果他在那里软弱，他的权威可能会在别处受到威胁。 科尔特斯家族在立法和税收问题上缺乏权力。 其他的科尔特斯从来没有完全失败过，但这种努力是不值得的，因为除了卡斯蒂利亚，没有其他地区足够富裕到值得付出努力，而且他们也不缺乏人力。
飞利浦的管理体系虽然很专业，但主要有四大缺陷： 1、过于谨慎。 2、决策时间过长。 3. 通过向无能但富有的人出售办公室的腐败削弱了制度。 4.反宗教改革的影响阻碍了新教国家采用现代方法。 想法仍然不受欢迎，可能会导致个人麻烦。
